Siendo obispo de Málaga D. Fray Bernardo Manríquez, por los años de 1.541 a 1.564, se volvió a ensanchar, construyéndose el templo y la torre que al presente tiene, En 1.649, el ilustre hijo de Vélez, Fray Alonso de Santo Tomás mandó labrar a su costa una maravillosa capilla bautismal, que desapareció en la gran reforma que se efectuara en 1.853.

Las puertas de calle se hicieron por orden del entonces obispo de Málaga, D. José Molina y Navarro, en octubre de 1.781, y allá por el año 1.828 se construyeron las portadas que subsisten a costa del natural de ésta y arzobispo de Santiago Fray Rafael de Vélez.

En el año 1.789 y costeada por el obispo de Málaga D. Manuel Ferrer y Figueredo se construyó una elegante sacristía, de orden corintio, adornada lujosamente con cajonerías de maderas escogidas, espejos y pinturas y en la que se colocaron tres valiosas esculturas del célebre Mena (un Crucifijo, un San José y una Santa Bárbara) que no se conservan en la actualidad.

El 30 de junio del año 1.792 se colocó un artístico tabernáculo en el comulgatorio o capilla del Santísimo (Altar Mayor), que fue la única que se conservó en la gran reforma de 1.853. Dicho tabernáculo fue reedificado en 1.830 por el gran tallista veleño D. Antonio de la Jara.

Siendo vicario D. Diego de la Chica y Muñoz, en 1.853, se efectuó una profunda reforma que duró siete años y que fue costeada en parte por el Gobierno y en parte con las limosnas de particulares. Era entonces Ministro de Gracia y Justicia el Ilustre hijo de Vélez D. Federico E. Vahey Alba que consiguió en tres ocasiones 100.000 ptas. para dicho fin.

El Historiador local D. Agustín Moreno nos detalla como diez de los doce altares levantados fueron costeados por particulares a saber:

• Capilla dedicada a la Purísima Concepción: D. Francisco Vivar
• Altar de la Magdalena, de orden compuesto, con fondo blanco y remates dorados: Dª Dolores Lazo

• S. Pedro, de orden corintio y base de piedra: D. José Acosta Igualada
• Jesús Nazareno, de orden compuesto: D. Pedro Domínguez
• S. Juan Bautista, restaurado por D. Juan Pohey
• Capilla de S. Federico, con un cuadro de este Santo Obispo, y un sepulcro de mármol blanco de Carrara, donde se asentaron los restos de D. Federico Vahey que murió en 1856 durante las obras de reformas.
• Ntra. Señora del Rosario, de orden compuesto: D. Juan Giner la Fuente y D. José Fernández. 
• Altar de la Aurora: Familia Caparroz.
• El de los Reyes, retablo antiguo restaurado por D. Juan N. Enríquez, al pie de cuyo altar se cree están los restos de D. Nuño de Aguila, que muriera en la toma de Vélez en 1.487, y que enterrado primeramente en la Ermita de San Sebastián fuera posteriormente trasladado a San Juan Bautista.
• Nuestra Señora de los Dolores, ahora advocación de Ntra. Sra. De las Angustias, de orden compuesto, con fondo blanco y remates dorados: D. José Castillo.

Acabadas las obras se bendijo de nuevo la Iglesia el 2 de febrero de 1860 por el obispo de Málaga D. Juan Nepomuceno Cascallana, celebrándose el hecho en los días siguientes con grandes y solemnes funciones religiosas.

En el año 1863, siendo alcalde de la ciudad D. Emilio Martín Bolaños, se puso en su torre un reloj de dos esferas que no se conserva. El actual ha sido donado por una Cofradía veleña.

La guerra destruyó sus buenos retablos y magníficas imágenes, algunas, como quedó antes dicho, de Pedro de Mena, así como su precioso órgano y su valiosa sillería. Se lució como magnífica joya el retablo del Altar Mayor, procedente de la Iglesia de Santa María.

Profundamente deformada por la reforma de 1853 hoy sólo queda del estilo mudéjar el exterior y cornisa del templo así como su preciosa torre.

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